自由使用和免费是FreeBSD的特征，在英文里都可以使用 “free” 来表示。这表示使用者不仅仅可以免费使用这个系统，还可以对软件进行适合自己需要的改动，并能够影响这个软件的发展等等，这正是free这个词更深一层的含义。
支持自由软件的人通常认为，每个计算机的使用者都有自己特定的需要，不可能有一个包罗万象、适合所有需求的软件系统。因此软件开发者和系统管理员希望了解软件内部的情况，以便可以对软件进行定制和扩展。而商业软件只提供软件的二进制代码，将软件内部的操作完全封闭起来，使用者就丧失了对软件的主动权。另外，任何软件产品都存在各种BUG，商业软件的使用者在遇到软件产品的这些问题时，就只能被动的等待厂商的补丁程序，整个软件系统不得不停顿或冒一定的风险继续使用。第三，计算机的使用者并不会完全信赖商业软件，某些软件厂商会故意在软件中加入恶意代码，或加入某种未公开的后门，对使用者造成危害。即使这些软件中的后门或恶意代码是打着防止盗版、提供更方便的功能等旗号加入的，但也可能被偶然触发，危害使用者的利益。而在提供软件源代码的软件中，就不会存在这种恶意的行为。
这些问题对于一个普通用户或者不重要，但对于一个较大的系统或要求较高安全性的系统中，就能表现出重要性了。支持自由软件的人认为，如果一个软件提供了源代码，那么使用者就能根据情况自己修改或请他人修改软件，从而适合自己的最终需要，并修正系统中因为有意或无意导致存在的问题。当前，开放源代码已经得到越来越多的计算机使用者和厂商的认可，他们组成了开放源代码组织（Open Source），来进一步推动这个思想。
另一方面，由于某些种类的商业软件中不存在竞争，垄断的结果就造成软件的价格昂贵，使得这些软件不是任何有需要的人都能够用得起的。而软件最大的价值是被人使用，因此有很多人认为软件开发者要允许别人使用他的软件，应该从软件服务中获得收益，而不是从软件本身中谋取暴利。他们认为计算机应该属于大众，而不应该由某些公司垄断。因此这些崇尚自由软件的人员就想为所有用户开发一整套系统，使用户在现有商业软件之外还可以进行选择，而不至于必须为商业软件支付额外的费用。这些人包括FreeBSD的开发人员、Linux的开发人员、GNU计划的开发人员以及其他众多的自由软件开发者，他们开发的软件构成了计算机领域内多姿多彩的一面，使得即使不使用任何商业软件，使用者也同样能够在计算机上以更好的性能完成所有的工作。
FSF开发了大量的自由软件来达到这个目的，这些软件与Unix上原有的软件功能相同，但由于GNU开发软件的时候硬件的处理能力更强了，因此GNU软件充分利用计算机的硬件能力，比Unix中的同样的软件功能更强，因此非常流行。这些软件在GNU通用公共许可的保护下允许任何人免费使用和传播（但必须同时提供源程序），因此被大量的用在其他的Unix中，FreeBSD上也提供了很多GNU软件。
Stallman创造了一个词copyleft，由于通常意义上的版权copyright是用来限制别人在没有许可的条件下不能使用和传播软件，而copyleft则鼓励任何人可以使用和传播软件。copyleft限制妨碍使用和传播GNU软件的行为，例如不提供GNU软件的源代码。然而copyleft与copyright并不冲突，因为 copyleft是针对软件的传播者而非针对最终使用者的。GNU软件必须使用copyleft保护，限制将GNU软件本身用于牟利目的，而其他软件仍然可以使用copyright保护版权不被侵犯。Stallman进一步使用GNU 通用公共许可来详细阐述copyleft的观念，要求传播GNU软件必须同时传播其源代码。由于GNU通用公共许可十分流行，因此很多非自由软件基金会的自由软件也使用GNU通用公共许可来保护自己软件，不被商业公司用于获利。
